Hết năm 2016, tổng số nợ BHXH, BHYT trên địa bàn huyện Yên Khánh là gần 6,4 tỷ đổng, chiếm hơn 5% so với số phải thu, tăng 14,9% so với cùng kỳ năm 2015.

Trong đó,nợ BHXH là trên 4,5 tỷ đồng,tăng 17%. Nguyên nhân do số doanh nghiệptư nhân (DNTN) có số nợ lớn dồn nhiều năm chưa đòi được như:Công ty TNHH MTV Vina I gần 500 triệu đồng, Công ty TNHH Đại Hiệptrên 300 triệu đồng, DNTN sản xuất cói xuất khẩu Hoàng Thắng trên 300 triệu đồng, Công ty Trường An trên 210 triệu đồng, DNTN xây dựng Thắng Lợi gần 250 triệu đồng...

Số nợ BHYT là trên 1,6 tỷ đồng, tăng 5,7% so với cùng kỳ năm 2015; trong đó đối tượng ngân sách nhà nước nợ gần 500 triệu đồng, còn lại là đối tượng BHXH nợ trên 1,1 tỷ đồng.