Nhằm tạo cơ sở pháp lý cao nhất để thể chế hoá quan điểm, định hướng của Đảng và Nhà nước về phát triển BHYT toàn dân. .Ngày 8/8/2005, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 196/2005/QĐ – TTg về việc thành lập Vụ Bảo hiểm Y tế thuộc Bộ Y tế. Thủ tướng Chính phủ giao Bộ trưởng Bộ Y tế quy định cụ thể nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Vụ Bảo hiểm y tế. Ngày 10/4/2018 Bộ Y tế đã Ban hành Quyết định số 2418/QĐ-BYT về Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức cho Vụ Bảo hiểm y tế thuộc Bộ Y tế
Theo đó, Vụ Bảo hiểm Y tế có chức năng giúp Bộ trưởng Bộ Y tế thực hiện quản lý nhà nước về bảo hiểm y tế theo quy định của pháp luật. Có 12 nhiệm vụ: xây dựng, sửa đổi, bổ sung văn bản quy phạm pháp luật, cơ chế, chính sách về bảo hiểm y tế; Xây dựng kế hoạch tổng thể phát triển bảo hiểm y tế; Xây dựng, sửa đổi bổ sung các qui định chuyên môn kỹ thuật, quy trình khám, chữa bệnh, hướng dẫn chẩn đoán, điều trị, chuyển tuyến điều trị liên quan đến khám chữa bệnh bảo hiểm y tế; Xây dựng, sửa đổi, bổ sung giá dịch vụ khám chữa bệnh, gói dịch vụ y tế cơ bản do quỹ BHYT chi trả; Xây dựng, sửa đổi, bổ sung quy trình, nội dung phương thức giám định BHYT…
Bên cạnh đó, Quyết định nêu rõ lãnh đạo Vụ BẢo hiểm y tế gồm: Vụ trưởng và không quá 03 Phó Vụ trưởng do Bộ trưởng Bộ Y tế bổ nhiệm, miễn nhiệm. Vụ hoạt động theo cơ chế, chế độ chuyên viên, các công chức trong Vụ chịu trách nhiệm trước Lãnh đạo Vụ về nhiệm vụ được phân công.