Đánh giá những tác động tiêu cực của thông tuyến, Bộ Y tế cho rằng, do người bệnh lựa chọn tuyến huyện KCB, cho nên, số lượt KCB tại trạm y tế xã giảm nhiều. Năm 2015 có 32,7 triệu lượt KCB tại trạm y tế xã nhưng năm 2016 chỉ có khoảng 30,5 triệu lượt. Cả nước có 38 tỉnh giảm từ 10% đến 30% số lượt KCB tại trạm y tế xã. Thực tế này không chỉ ảnh hưởng đến chính sách hướng về y tế cơ sở của Chính phủ mà còn làm gia tăng chi phí KCB do tăng số lượt KCB ở tuyến trên nhưng chi phí tại tuyến xã không giảm, gây lãng phí nguồn lực của xã hội. Tuy vậy, nhiều ý kiến cho rằng, đánh giá cơ chế thông tuyến tác động tiêu cực đến y tế tuyến xã là chưa toàn diện vì có nhiều tỉnh tăng số lượt KCB tuyến xã. Chính sách thông tuyến đã giúp bộc lộ sự yếu kém, không hợp lý ở y tế xã tại một số địa phương, qua đó giúp cơ quan quản lý và chính quyền địa phương có cơ sở để nghiên cứu, đưa ra cơ chế quản lý, đầu tư nhằm giúp trạm y tế ở các địa phương phát triển.

          Nguyên Phó Chủ nhiệm Ủy ban Về các vấn đề xã hội của Quốc hội Nguyễn Văn Tiên cho rằng, Nhà nước cần đầu tư hỗ trợ y tế xã, cho phép các trạm y tế xã tự chủ thực hiện KCB BHYT, lồng ghép cơ chế quản lý sức khỏe gia đình vào y tế xã, coi y tế xã là nơi kiểm soát bệnh đầu tiên và từ đó có thể chuyển người bệnh lên tuyến chuyên môn hợp lý. Bộ trưởng Y tế Nguyễn Thị Kim Tiến cho biết, Bộ Y tế đang nghiên cứu để đổi mới y tế cơ sở, nhằm thu hút người bệnh KCB ở tuyến xã. Đó là: điều chỉnh danh mục dịch vụ kỹ thuật và danh mục thuốc mở rộng cho tuyến xã , huyện để đáp ứng nhu cầu KCB, nhất là đối với các bệnh không lây nhiễm; triển khai mở rộng mô hình bác sĩ gia đình, quản lý sức khỏe cá nhân, áp dụng cơ chế chuyển tuyến từ y tế cơ sở, phòng khám bác sĩ gia đình đến các bệnh viện chuyên khoa tuyến trên, hoàn thiện gói dịch vụ y tế cơ bản do quỹ BHYT chi trả; điều chỉnh mức kinh phí dành cho trạm y tế xã phù hợp phạm vi, năng lực chuyên môn và nhu cầu KCB. Bộ Y tế cũng sẽ luân phiên cử cán bộ từ y tế tuyến huyện về trạm y tế xã và chuyển giao kỹ thuật để chất lượng dịch vụ tại trạm y tế xã được nâng cao. Việc tiếp tục đầu tư cho trạm y tế xã như vậy sẽ tạo gắn kết giữa người có thẻ BHYT với cán bộ y tế xã trong việc quản lý sức khỏe, khám chữa bệnh và tư vấn chuyển tuyến.

          Đáng chú ý, chính sách thông tuyến làm phát sinh tình trạng người bệnh đi khám nhiều lần để trục lợi quỹ BHYT và qua đó cũng thấy được bất cập về xử lý trách nhiệm của các bên liên quan. Số liệu thống kê trong tám tháng qua (từ tháng 7-2016 đến tháng 2-2017) của Bảo hiểm xã hội (BHXH) Việt Nam cho thấy, có hơn 1,2 triệu người tham gia BHYT đi KCB từ hai lần trở lên mỗi tháng, trong đó có hơn 83 nghìn người KCB hàng tuần. Có ba triệu lượt khám nhiều lần trong cùng ngày, nhiều lần trong tháng. Số tiền thuốc mỗi đối tượng đã lĩnh trung bình từ 400 nghìn đến 500 nghìn đồng/lần, đối tượng nhận nhiều nhất hơn 73 triệu đồng, ít nhất là 13 triệu đồng. Nguyên nhân do ý thức của người sử dụng thẻ BHYT chưa cao và một số cơ sở KCB chưa thực hiện nghiêm việc chuyển dữ liệu KCB cho cơ quan BHXH để kiểm soát và phát hiện kịp thời các trường hợp KCB nhiều lần. Hiện nay, đã có 99% số cơ sở KCB kết nối với hệ thống giám định BHYT điện tử nhưng có tới 40% số cơ sở KCB chưa chuyển dữ liệu KCB trong ngày để chia sẻ, sử dụng chung. Việc chậm chuyển thông tin, nhất là chuyển sau khi người bệnh đã ra viện khiến các cơ sở y tế khác và cơ quan BHXH không kiểm soát được người bệnh đó đi KCB ở đâu và khám bao nhiêu lần. Nhiều chuyên gia cảnh báo, nguy cơ KCB nhiều lần để trục lợi quỹ sẽ còn gia tăng, nhất là khi thực hiện thông tuyến tỉnh. Thế nhưng, hiện nay vẫn chưa có quy định để xử phạt những cơ sở y tế cố ý không chuyển thông tin KCB cho cơ quan giám định điện tử cũng như phạt người KCB nhiều lần để trục lợi quỹ BHYT. Để bảo vệ quỹ BHYT, cần thiết xem xét, bổ sung các quy định còn thiếu này.

          Theo lộ trình, từ 1-1-2021 sẽ thông tuyến tỉnh. Người bệnh sẽ được quỹ BHYT chi trả chi phí điều trị nội trú nếu KCB không đúng tuyến tại các cơ sở KCB tuyến tỉnh trong phạm vi cả nước. Với những kinh nghiệm đã có trong thông tuyến huyện thời gian qua, vấn đề rút ngắn thời gian thông tuyến tỉnh trước năm 2021 đã được đặt ra. Nhiều ý kiến cho rằng, do đã triển khai thông tuyến tại 11 nghìn cơ sở y tế tuyến huyện, xã thời gian qua thì việc triển khai thông tuyến tỉnh tại 572 cơ sở y tế trong cả nước sắp tới không quá khó khăn. Tuy vậy, BHXH Việt Nam dự báo, nguy cơ tăng số lượt điều trị nội trú tại tuyến tỉnh sẽ xảy ra, gây tình trạng quá tải và gia tăng chi phí y tế. Điều này sẽ tác động không nhỏ đến khả năng cân đối quỹ BHYT. BHXH Việt Nam tính toán, nếu thực hiện thông tuyến tỉnh đồng thời trong năm 2016, quỹ BHYT có thể chi thêm khoảng hơn ba nghìn tỷ đồng. Mặt khác, khi số lượng người dân KCB gia tăng tại tuyến tỉnh, khó tránh tình trạng một bộ phận bác sĩ có chuyên môn tốt tại tuyến huyện dịch chuyển lên làm việc tại tuyến tỉnh, càng làm thiếu hụt nhân lực y tế tuyến cơ sở. Do đó ngay từ bây giờ, đòi hỏi ngành y tế cần có giải pháp thu hút người bệnh ở tuyến huyện, xã một cách thực chất, hiệu quả. Các bệnh viện tuyến tỉnh cần tập trung phát triển kỹ thuật chuyên khoa sâu, mũi nhọn để đáp ứng kịp thời nhu cầu người bệnh khi chính sách thay đổi.