Năm 2014, huyện Yên Khánh có thêm xã Khánh An, Khánh Nhạc, Khánh Cường, thị trấn Yên Ninh đạt Bộ tiêu chí Quốc gia về Y tế xã giai đoạn 2011 - 2020. Như vậy, sau 2 năm triển khai thực hiện Bộ tiêu chí Quốc gia về Y tế xã giai đoạn 2011-2020, toàn huyện đã có 9/19 xã đạt Tiêu chí Quốc gia về Y tế xã giai đoạn 2011-2020. Năm 2015 huyện Yên Khánh tiếp tục phấn đấu xây dựng thêm 3 xã là Khánh Vân, Khánh Hội, Khánh Thủy đạt Bộ tiêu chí Quốc gia về Y tế xã giai đoạn đến năm 2020.